01 / UNDERSTAND
仕組みと使いどころ
AlphaGenomeでは、参照配列と変異後の配列について、遺伝子発現、スプライシングパターン、クロマチン特性、コンタクトマップなどの機能的出力を予測できます。最大100万塩基対のDNA配列を解析でき、多くの出力を一塩基対単位で予測します。AlphaGenome Atlasは、ヒトゲノム全体について事前計算された変異効果スコア予測、AlphaGenome Variant Impactスコア、特徴量重要度を提供します。これらの予測は理論的なモデル化と研究を目的とし、臨床上の意思決定や医療上の助言には使用できません。
02 / IN PRACTICE
Variant Effect Predictionの活用例
たとえば、こんな場面で
対象となる変異について参照配列と変異配列のRNA出力を予測し、両者を比較して遺伝子発現への予測上の影響を調べます。
03 / GOOD TO KNOW
使うときのポイント
解析するゲノム領域と必要な機能的出力を明確にし、予測を実測結果や臨床的な判定として扱わないようにします。
参考資料
GitHub - google-deepmind/alphagenome: This API provides programmatic access to the AlphaGenome model developed by Google DeepMind. (新しいタブで開きます)用語の説明や活用例に関連する参考資料です。
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