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ゲノミクス

Variant Effect Prediction(変異影響予測)とは?

DNA配列の変異が、遺伝子発現やスプライシングなどの機能的出力へ与える影響をモデルで予測することです。

仕組みと使いどころ

AlphaGenomeでは、参照配列と変異後の配列について、遺伝子発現、スプライシングパターン、クロマチン特性、コンタクトマップなどの機能的出力を予測できます。最大100万塩基対のDNA配列を解析でき、多くの出力を一塩基対単位で予測します。AlphaGenome Atlasは、ヒトゲノム全体について事前計算された変異効果スコア予測、AlphaGenome Variant Impactスコア、特徴量重要度を提供します。これらの予測は理論的なモデル化と研究を目的とし、臨床上の意思決定や医療上の助言には使用できません。

Variant Effect Predictionの活用例

たとえば、こんな場面で

対象となる変異について参照配列と変異配列のRNA出力を予測し、両者を比較して遺伝子発現への予測上の影響を調べます。

使うときのポイント

解析するゲノム領域と必要な機能的出力を明確にし、予測を実測結果や臨床的な判定として扱わないようにします。

参考資料

GitHub - google-deepmind/alphagenome: This API provides programmatic access to the AlphaGenome model developed by Google DeepMind. (新しいタブで開きます)

用語の説明や活用例に関連する参考資料です。

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